Commit bd0f85f4 authored by Brage.Forland's avatar Brage.Forland

Bugfixes. Updates to effect diagnostics plot.

parent 0c7a060b
Kort oversikt over prosessen her.
1. Klargjering av kovariater
Klargjer kovariatfilene. Dette treng me berre gjera unntaksvis, dersom me vil byta ut
WORLDCLIM2 som me brukar no (http://worldclim.org/version2), eller anvenda data på
anna område enn Norsk fastland.
Evt. todo-ar her er å laga eit kovariatdatasett for marine arter, og evt. laga til
støtte for Svalbard.
Filer:
Input her er WORLDCLIM-datasettet, som må lastast ned og pakkast ut.
WCD.tmp/* Nedlasta og utpakka filer
scripts/clipWORLDCLIMData.R Script for klipping av WORLDCLIM
data/norway/borders.shp Norgesgrenser for klipping
data/data/WORLDCLIMData Ferdig klippa klimafiler
Innanfor data/data/WORLDCLIMData
template.tif Maske for klipping av Occurrences(1bit tiff)
*.tif Kovariatene
layers.txt Beskrivelse av kovariatene (for grafar etc).
For å leggja til nytt sett av kovariater treng ein berre leggja til ein ny katalog
her som følger denne strukturen. Modellen bryr seg ikkje om kva kovariatene er,
dei kan erstattast av andre data dersom det trengs. Modelldelen av programmet
vil standardisera filene, og bruka ein kvadratisk modell på desse, så data må
transformerast før lagring i tiff-filene dersom ein ønsker å bruka annan modell.
2. Lag jobb-fil
Døme:
{
"outputLocation": "refspecies.10m",
"species": [
"Bombus bohemicus",
"Ischnura elegans"
],
"resolution": "10m"
}
Scriptet utils/makejob.php dumper lager ei jobb-fil ut frå ein nøkkel i artsapp-databasen.
3. Last ned data frå GBIF
Kommando:
artsappsdm --download=all|missing jobfile.json
Laster ned alle data innanfor BBOX-en til klimadata og lagra desse som CSV-filer i
data/occurrences.cache
4. Køyring av modell
Kommando:
artsappsdm --runmodel=all|missing jobfile.json
Køyr SDM-modellen på alle nedlasta data. Det kan vera at nokon artar ikkje blir ferdige
innan rimeleg tid og blir drept av out of memory killeren til Linux. I så fall, fjern
arten frå jobfila *og* frå specieslist.tsv sidan arter som mangler i jobfile ikkje
automatisk blir sletta frå denne. Restart jobben med --runmodel=missing for å fortsetja.
5. Generer ekstra-filer til webgrensesnittet
Modell-scriptet genererer eit R-objekt med alle data og geotiff-filene. Web-grensesnittet
treng litt ekstrafiler i tillegg til desse:
5.1 Lagra occurrences som er brukt i modellen.
Dette blir gjort av eigen kommando heller enn implisitt av modellkøyring slik at den kan køyrast før
modellkøyringa, slik at filene blir synlege på web, og brukast òg dersom ein ikkje
skal køyra sjølve modellen.
Kommando:
artsappsdm --saveocc jobfile.json
Filer:
Occurrences.tif Gridda occurrences, inputdata til modellen
occurrences.shp Occurrences brukt i modellen
5.2 Statistikk for rasterfilene
Generer grunnleggande statistikk for rasterfilene (mean, min, max, count). Denne blir brukt
til å finna felles skala for Main/Climate/Spatial effect på webgrensesnittet og antall
occurrences som inngår i modellen.
Kommando:
artsappsdm --saverasterstats
Filer:
rasterstats.tsv
5.3 Responsplots
Generer responsplot for klimavariablane ut i frå modellobjektet.
Kommando:
artsappsdm --saveplots
Filer:
*.svg
6. Køyring
Alle desse delane kan i teorien køyrast i eitt, td.
Rscript artsappsdm --download=missing --saveocc --runmodel=missing --saverasterstats --saveplots jobfile.json
Ettersom ting kan krasja på ulike stadier, er det nok best å køyra
ting i fleire omgangar, slik at ein ser at forrige trinn prosessen har
fungert slik det skal.
Avhengighetane er
Anbefalt rekkefølge:
Rscript artsappsdm --download=missing jobfile.json
Rscript artsappsdm --saveocc --runmodel=missing jobfile.json
Rscript artsappsdm --saverasterstats --saveplots jobfile.json
--
rasterize to grid
write rasterized data output directories
load covariates
--
Todo:
- Testing!
- Skriv ut mesh-objektet som er brukt
- Lagra model-summary
- Få fram litt meir om modellen som er brukt
- Summary frå INLA
- Antall punkt
- Fleire modellar?
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment